南懷瑾 1918年3月18日，出生于浙江省溫州市樂清縣柳市翁垟鎮地團村南宅組（今樂清市長林社區殿后村）。

南懷瑾6歲開蒙；7歲時還吃奶；11歲那年父親把他送到樂清第一小學上學，他不愛吃飯，小病不斷。一次，南懷瑾和鄰居孩子吵架，互罵臟話，父親一氣之下，把他推進門前小河溝里。

1931年，13歲的南懷瑾小學畢業考試倒數第一，只得到肄業證書。父親要他去學木雕或去商店做學徒，他不肯，只好在家自修，自修的三年里，父親還給他請過博古通今的老師葉公恕。

1935年，17歲的南懷瑾和姨表姐王翠鳳結婚，并有了長子南舜銓。之后離開溫州，前往浙江國術館習武，并于浙江國術館國術訓練員專修班第二期畢業、中央軍校政治研究班第十期畢業、金陵大學研究院社會福利系肄業，并獲得了武術教官的資格。

1936年，他回家度暑假，妻子后來生下次子南小舜。

抗日戰爭爆發后，南懷瑾投筆從戎，在四川執教于中央軍校軍官教育隊，隨即潛心于佛典。

1943年，南懷瑾結識了袁煥仙，晤談之下，遂為忘年之交。袁煥仙閉關期滿，到成都成立了維摩精舍，南懷瑾追隨左右，遂拜門墻，成為維摩精舍開山首座弟子，潛心修道參禪，多有會心之處，竟毅然辭去中央軍校教官之職。其后，南懷瑾為求深研佛法，便悄然離開成都，奔赴峨眉山大坪寺閉關修持。

1945年，南懷瑾前往四川、西康、西藏參訪各派宗教，其間為了修學，他在峨眉山中鋒大坪寺閉關修行三年。這以后，南懷瑾以修行的姿態到處尋師，中途不斷吸取各家知識，逐漸形成對儒、釋、道的見解。

1949年2月，南懷瑾初到臺灣。一次，一家小旅館失火，有個來自吉林長春的姑娘楊向薇，成了南懷瑾收留的難民之一，后來又成了他的妻子，婚后的南懷瑾因迫于生計，同溫州老鄉一起做船運生意，三條船湊成“義禮行”公司。

國民黨從舟山撤退時，占用了義禮行公司的船，他血本無歸，一夜之間負債累累。兩女兩子先后出生了，他不得不棲身于基隆海濱一個陋巷里，擠在瓦可漏月、門不閉風的小屋里。

1955年，南懷瑾在窘困的處境下，出版了《禪海蠡測》一書，卻一本都賣不出去。不久，他舉家遷到臺北龍泉街，住在販夫走卒喧囂終日的菜市場附近，在這里，他常右手執筆寫書，左手抱著幼子，雙腳還要不停地推著搖籃，以防尚在襁褓中的嬰兒哭鬧，困頓中的南懷瑾煮字療饑，他憑著驚人的記憶力完成了《楞嚴大義今釋》、《楞伽大義今釋》兩本力作，但在書店堆放在角落里，少人購買。[2] 

20世紀60年代起，官方推動中華文化復興運動，此舉在民間激起強烈的文化鄉愁。1960年，胡適讀了《楞嚴大義今釋》之后表示贊許，南懷瑾逐漸讓知曉，弟子漸多，并被蔣介石和蔣經國父子倆邀請在臺灣三軍駐地巡回演講。

1963年，臺北中國文化大學創辦人張其昀聘請南懷瑾擔任教授并兼禮學院院長，南懷瑾接受了教授聘書，附加條件是不到學校上課，由研究生到其家受教。隨后，他在臺北輔仁大學開設《易經》課程，結果學生增多不少，多名是臺灣政壇要人、文化、財經界人士均為其學生。

1969年，南懷瑾創立“東西精華協會”。

1976年，南懷瑾出版的演講輯錄《論語別裁》，趁勢而熱，多次重版，流行于華人文化圈。 

1984年，因據傳蔣經國懷疑南懷瑾可能在臺灣將成為新政學系的新領袖，為避禍于1985年移居美國，并在弗吉尼亞成立“東西學院”。

1988年，南懷瑾返抵香港定居，期間，時任中共溫州市委書記的董朝才前去造訪，希望南懷瑾倡導、推動孫中山《建國方略》中提及的金溫鐵路，南懷瑾慨然應允，成為金溫鐵路的催生者，開始籌資興建這條中國第一條合資的鐵路。

1990年，泰順、文成水災，南懷瑾捐資救患，并在溫州成立“南氏醫藥科技基金會”、“農業科技基金會”，且為廈門南普陀寺修建禪堂。

1992年6月16日，南懷瑾為大陸和臺灣兩岸密使親筆起草《和平共濟協商統一建議書》，為兩岸和談奠定了基礎。[4] 11月18日，浙江金溫鐵道開發有限公司正式掛牌成立，南懷瑾擔任公司董事長兼總經理。12月18日，金溫鐵路正式開工。[5] 

1994年2月11日，南普陀寺禪堂落成之時，南懷瑾應邀來主持了禪學講座。此次活動是南懷瑾以現代科學精神結合傳統佛教禪七形式所進行的一次修持實踐，在7天的禪修中，由南懷瑾親自講解禪修要義，并指導全體學員進行禪修實踐，他還將自己畢生修學經驗與心得傾囊相授，并且“南禪七日”的視頻至今在網絡上廣為流傳。

1998年6月11日，金溫鐵路開始通車。[6] 在通車前夕，南懷瑾基于“功成身退，還路于民”的想法，將股權轉讓給浙江省和鐵道部，金溫鐵路現屬上海鐵路局管轄。[7] 

2006年，南懷瑾移居至蘇州，并在蘇州吳江區創建“太湖大學堂”，旨在傳播中國傳統文化，同時與現代自然科學、人文科學相結合，發展認知科學與生命科學研究。

2012年9月19日，媒體傳出南懷瑾病危消息。9月29日下午4時，南懷瑾在蘇州太湖太學堂去世，享年95歲。